Suomen ympäristökeskuksessa (Syke) tehdään vesien- ja merenhoidon suunnittelun ja toimeenpanon tueksi monenlaista mallinnusta ja mallitutkimusta useissa hankkeissa. Lisäksi tehdään pohjavesiin ja tulviin liittyvää mallinnusta. Sykessä on myös kehitetty malleja (esim. vedenlaadun ja ravinnekuormituksen mallinnus- ja arviointijärjestelmä VEMALA ja rannikkomerimalli FICOS) vastaamaan vesien- ja merenhoidon tarpeisiin.
Mallinnus on työkalu, jolla havainnollistetaan erilaisia syy- ja seuraussuhteita tai tehdään arviota eri toimenpiteiden vaikutuksista kohdealueeseen. Malli ei toisinna mallinnettavaa systeemiä kokonaan vaan on likiarvo todellisuudesta ja mallintaa systeemin osatekijöitä. Mallinnus kuitenkin mahdollistaa erilaisten vaihtoehtoisten skenaarioiden vaikutusten arviointia. Tämän on tarpeen esimerkiksi toimenpiteiden riittävyyden arvioinnissa vesien- ja merenhoidossa (ymparisto.fi) tai ympäristölupaprosesseissa (ymparisto.fi).