Geologiset menetelmät
Pohjan muotoja ja pohjan laatua voidaan tutkia erilaisilla kaikuluotainmenetelmillä, nykyisin erityisesti monikeilakaiulla. Tarkkaa tietoa pohjan muodosta ja pohjasedimentin laadusta tarvitaan geologisten muodostumien ja luontotyyppien tunnistamisen lisäksi mallinnettaessa eliölajien esiintymistä.
Sukeltaminen ja pohjanäytteenotto
Laji- ja elinympäristötietoa kerätään mm. sukeltamalla. Tärkeä menetelmä on ns. levälinjasukellus, jossa kohtisuoraan rantaa vastaan vedettyä narua pitkin sukeltamalla tunnistetaan pohjaan kiinnittyneitä levälajeja. Samalla voidaan ottaa levien joukossa piilottelevia eläimiä haavipussiin, ja tunnistaa niitä myöhemmin laboratoriossa. Pehmeiden pohjien eliöstöstä kerätään näytteitä erilaisilla pohjanoutimilla. Näytteet seulotaan laivalla ja analysoidaan laboratoriossa.
Videomenetelmät
Koska pohjaeläinnäytteiden otto ja analysointi sekä sukellukset ovat aikaa vieviä, laji- ja elinympäristötietoa kerätään myös videoimalla. Videointeja tehdään ns. drop video –menetelmällä ja kauko-ohjattavilla videoroboteilla (ROV).
Kalatutkimukset
VELMUssa kerätään tietoa myös kalojen lisääntymisalueista. Näytteitä kerätään mm. kaislikkorannoilta kahlaamalla ja kalanpoikasia tietyn mittaisella rantakaistaleella pyydystämällä (Kuva). Kartoitustiedot yhdistetään ympäristötietoihin (esim. veden lämpötila, suolaisuus ja sameus sekä ruovikkojen esiintyminen) ja tietojen pohjalta laaditaan lisääntymisalueiden todennäköistä sijoittumista kuvaavia karttoja.
Mallinnus
Koska kaikkia merialueita ei ole mahdollista inventoida, laaditaan lajihavaintojen ja ympäristömuuttujatiedon perusteella lajien ja yhteisöjen esiintymistä kuvaavia malleja. Mallit voidaan visualisoida kartalle, jolloin niitä voidaan käyttää esimerkiksi verrattaessa tärkeiden lajien ja ihmistoimintojen sijoittumista merialueella. Malleja tehdään vesikasveille, makroleville, pohjaeläimille ja kaloille.